“參謀總長”久拖不動，也在軍方內(nèi)部和政壇不斷引發(fā)質(zhì)疑聲。軍方擔心，林鎮(zhèn)夷完全卡死“總長”，不僅影響這一個位置，而且會造成軍中高層人事大塞車，甚至引發(fā)連鎖反應，部分中下層軍官也升遷無望，不少人甚至不得不提前退役。為了打破這種僵局，軍方內(nèi)部很可能會不斷出現(xiàn)內(nèi)斗，通過丑聞拉下某些將領，引發(fā)軍方動蕩。

　　王志鵬表示，承平時期軍方升遷管道較為單一，如果人事案沒能按既定倫理和節(jié)奏變動，就肯定少不了圍繞個人權(quán)位的內(nèi)斗。此次“總長”職務回歸陸海空輪替慣例，有利于軍中勢力平衡，符合馬英九盡量誰也不得罪的風格，也對軍方人事制度化有積極影響。他指出，馬英九對軍事不是很懂，因此治軍思路一直是力求穩(wěn)定，讓能掌控的專業(yè)人才替他管理，高華柱、林鎮(zhèn)夷都是這樣，疑人不用、用人不疑。何況馬現(xiàn)在被政治、經(jīng)濟領域的事務搞得焦頭爛額，根本沒精力過多干預軍方事務，這種人事案能幫助軍中安定就好。

“總長”縮權(quán) 臺軍體制現(xiàn)代化縮影

　　臺灣軍事體制曾長期保持“兩大系統(tǒng)、四個條塊”格局。兩大系統(tǒng)是指軍政和軍令部分?！翱偨y(tǒng)”作為三軍最高統(tǒng)帥，通過“國防部長”對軍隊行使統(tǒng)帥權(quán)，通過“參謀總長”對軍隊行使指揮權(quán)。四大條塊分別是：隸屬于“行政院”的“國防部”，負責軍隊人事安排、組織編制等行政事務；“參謀本部”負責軍事指揮，下轄各軍兵種司令部；其他兩大部分則是相對獨立的“總政戰(zhàn)局”和情報系統(tǒng)（“軍事情報局”及“司令部情報署”）。

　　王志鵬指出，這種體制實際上以“參謀總長”為首，“國防部長”是虛位，“總統(tǒng)”的真正軍事幕僚長是“總長”。而在2002年 “國防二法”（“國防部組織法”與“國防部參謀本部條例”）正式實行后，臺“國防部長”變?yōu)閷嵨?，成為“總統(tǒng)”的軍事幕僚長，而“參謀總長”平時只是“國防部長”的軍事幕僚長，原隸屬“參謀本部”的各兵種司令部也直接隸屬于 “國防部”，“國防部長”控制了軍令、軍政、軍備三大部門，成為軍方的實際控制者。在這種改革后，“總統(tǒng)”實際上獨享了軍隊的最高指揮權(quán)，排除了“行政院長”的影響，降低了“參謀總長”的權(quán)力，只要“國防部長”是自己信任的人，就可以有效控制軍隊。

　　在這種新體制中，“總統(tǒng)”及“國防部長”的文官體系負責戰(zhàn)略決策，“參謀總長”則主要負責各軍種的軍事計劃、作戰(zhàn)部分，既具體指導海陸空司令部，又要協(xié)調(diào)他們共同對“國防部長”負責。這種在縱向變短、橫向加厚的體制，使指揮鏈條更短、信息流通更快，更加符合現(xiàn)代軍事發(fā)展中的扁平化要求。