但孫立人不為所動，再三表示：

　　 “我忠于蔣介石，不能臨難背棄。臺灣軍隊悉由蔣介石指揮。陳誠（時任東南行政公署長官，坐鎮(zhèn)臺北）也是聽命于蔣介石的。”而且他還表示：“我只會打仗，不會搞政治，不會領導反共”，要美國繼續(xù)支持蔣介石。

　　 回到臺灣之后，孫立人將此行如實向陳誠匯報，并請轉(zhuǎn)達蔣介石。

　　 然而，孫的光明磊落并沒有換來蔣的信任，反而更加劇了蔣的不安。只是礙于臺海危機情勢，加上美國人的情面，蔣介石不得不重用孫立人以防衛(wèi)臺灣，并利用他與美國的良好關系爭取美援。蔣介石在自己的日記里記載，他并非不愿意用孫立人，但是“吳（國楨）、孫（立人）屢屢挾外（美國）自重”，從1949年5、6月間美駐臺領事艾嘉致國務卿的7封電報可知，孫立人對美國外交官一直埋怨陳誠故意雪藏他，以至于他有職無權，他希望軍民分治，又說臺灣形勢發(fā)展到人心思變的地步，還抨擊陳誠等人落后時代50年等。身為軍方要員，向外國官員謾罵本國政府，自然是越軌之舉。

　　 1950年3月17日，蔣擢升孫為陸軍總司令兼陸軍訓練司令，三天后又加臺灣防衛(wèi)總司令，并許諾未來晉升其為三軍總參謀長。一時間，孫立人成了蔣身邊炙手可熱的人物。但就在孫立人就任陸軍總司令的同時，掌控臺灣情治機關的蔣經(jīng)國已經(jīng)在蔣介石的授意下，將特務網(wǎng)絡滲透至陸軍總司令部。

　　 3月23日，就在孫立人被任命為陸軍總司令不到一周時間后，他的英文秘書黃正，以及黃正的姐姐陸軍訓練總部干部黃玨，便被蔣經(jīng)國以莫須有的“泄露軍機”罪名逮捕，判刑十年。接著，孫立人的舊部屬李鴻、陳鳴人、彭克立等人也以“匪諜”罪被拘捕。

　　 6月底，朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)，美第七艦隊協(xié)防臺灣。這對岌岌可危的蔣介石來說，無疑是打了一劑強心針，臺灣安全可保，孫立人的作用大加削弱。

　　 1951年3月27日，蔣介石正式派遣蔣經(jīng)國進駐陸軍總司令部，組建陸軍總司令部政治部，這等同于給孫立人派了一個監(jiān)軍。孫立人處處為蔣經(jīng)國掣肘，成了有名無實的陸軍總司令。

　　 孫立人長期接受美式教育，而且個性孤高自傲，一貫不恥官場的相互傾軋、阿諛逢迎，對于蔣經(jīng)國的政工系統(tǒng)就更為厭惡。而且作為一個職業(yè)軍人，孫并沒有太多的政治權謀，不善協(xié)調(diào)各方關系，胸無城府，這也使他與蔣經(jīng)國及黃埔系將領關系日漸緊張。江南（劉宜良）在《蔣經(jīng)國傳》中提到：“孫是個非常優(yōu)秀的帶兵官，但是位很壞的領袖。講人際關系，他和他的同僚幾乎沒有人可以合得來。任陸軍總司令期間，每周軍事匯報，從來未準時出席，其理由非常可笑：他不愿向周至柔總長敬禮，遲到即可避免，因為總統(tǒng)已經(jīng)在場。”甚至連蔣經(jīng)國向他拜年，他都不見。