在訪菲最后一天，杜特爾特按計劃訪問橫濱，登上了日本海上保安廳大型巡視船“伊豆”號，參觀海上保安官用高速橡皮艇堵截非法船只，以及用直升機營救溺水者的訓練。在觀摩訓練后的新聞發(fā)布會上，杜特爾特表示，“今后(菲律賓)和日方舉行聯合訓練，基本上是沒有問題的”。但他話鋒一轉說：“和美國的話就有問題了。”法新社稱，杜特爾特當天還對記者透露，日本首相安倍26日與他會談時，要求他就批評美國的話做說明。他回應說“那只是一些詞語，為什么那么看重它們”。不過杜特爾特說，他隨后對安倍重申，華盛頓不公平地向菲提出了人權質疑，把菲律賓當成“拴著鏈子的狗”。

　　杜特爾特26日在東京對日本商界領袖表示，他希望美國軍隊兩年內離開菲律賓。美國有線電視新聞網(CNN)稱，25日啟程訪日時，杜特爾特在馬尼拉的機場表示，菲美關系結束了。針對杜特爾特訪日期間的發(fā)言，白宮發(fā)言人歐內斯特26日表示，美國尚未聽到菲官方任何有關改變兩國盟友關系的言論。《菲律賓星報》27日稱，美國駐菲大使戈德堡提醒說，在亞太地區(qū)，菲律賓仍是美國軍事援助的最大受益者，僅2015年該國就接受了6600萬美元的軍事資助用來購買國防裝備。戈德堡說，美菲關系基礎“非常強大和堅固”，但杜特爾特針對美國的侮辱和褻瀆性言論可能引起兩國關系的不確定性。

　　美國《基督教科學箴言報》27日稱，反復無常的杜特爾特和前景不明的跨太平洋伙伴關系協定(TPP)已成為威脅美國總統奧巴馬“重返亞太”戰(zhàn)略的兩大攔路石。日本《朝日新聞》27日稱，日本政府特別“厚待”杜特爾特，避免提及受到歐美詬病的菲“人權問題”。在美菲關系冰河期，日本要維系與菲律賓的友誼，扮演調停美菲關系、牽制中國的角色。日本共同社稱，早在杜特爾特上臺前，日方外交官員就頻繁拜會他，邀請他參加活動，為使他成為“親日總統”進行外交布局。據外務省官員的說法，日本外相岸田文雄25日晚不惜冒雨站在東京料理店門口等候杜特爾特多時，是因為“菲是對華戰(zhàn)略的關鍵，無論如何都要把菲方留在日美陣營里”。但杜特爾特強烈的反美意識“打亂了日本構筑對華包圍網的計劃”。

　　此次杜特爾特訪日，日本政府還不斷引入南海話題。有日本政府官員對日媒透露，杜特爾特訪日期間，日菲就尊重南海仲裁案裁決結果達成共識。對此，中國外交部發(fā)言人陸慷27日表示，杜特爾特總統訪問日本期間作出的公開表態(tài)與訪華期間表態(tài)的精神是總體一致的。我想，準確理解菲律賓政府的立場，還是聽一聽菲律賓領導人本人的表態(tài)更加可信些。陸慷說，當前，在中國與包括菲律賓在內的有關各方共同努力下，南海局勢正在朝著緩和、積極的方向發(fā)展，有關各方也正在為通過對話協商妥善處理南海問題而共同努力，這是地區(qū)絕大多數國家的共同感受和期待。如果還有個別國家抱著一些不切實際的幻想，我們勸他還是趁早丟掉吧。

　　有美國媒體報道說，杜特爾特訪日期間與日本簽署了軍事和經濟協議，此前日本已對菲出售10艘巡邏艇。中國國防部新聞發(fā)言人吳謙上校27日回應《環(huán)球時報》記者提問時說，“我們一貫主張有關國家之間的軍事合作不應針對第三方，不應損害地區(qū)和平與穩(wěn)定。需要指出的是，域外國家不應插手地區(qū)事務，要多做地區(qū)和平的維護者，而不是攪局者。”