臺(tái)灣民間對(duì)這次發(fā)生的事件非常氣憤，要求臺(tái)灣的外務(wù)機(jī)構(gòu)進(jìn)行調(diào)說(shuō)明。新上任的“部長(zhǎng)”吳釗燮答復(fù)：“我們秉持勿枉勿縱的態(tài)度處理，日方若過度執(zhí)法，我方當(dāng)強(qiáng)烈抗議，若我方漁船有越界行為，政府也會(huì)加以處理。該船是否有越界作業(yè)行為，農(nóng)委會(huì)漁業(yè)署刻正進(jìn)行查證，我方也已洽請(qǐng)日方提供具體事證。”
這番話的意思就是不采信臺(tái)灣漁船的話，他們?cè)诂F(xiàn)場(chǎng)拍攝的影片，也不足為證，必須要聽日本方面的說(shuō)詞。如果日本說(shuō)臺(tái)灣漁船越界了，臺(tái)灣當(dāng)局就要對(duì)該漁船做出處罰！
日本水產(chǎn)廳已經(jīng)派取締船朝著臺(tái)灣漁船噴水、追逐意圖扣押，他們會(huì)說(shuō)該漁船沒有入侵日本海域，只是在鬧著玩的？“東半球28號(hào)”的船長(zhǎng)船員等著吧！媚日的綠色政權(quán)不久就要收拾你們了。
經(jīng)過幾天的調(diào)查，“漁業(yè)署”表示：“東半球28號(hào)”在2月28日至3月3日之間，以特定漁業(yè)的身份出航，由于該船漁業(yè)執(zhí)照為延繩釣漁船，根據(jù)《延繩釣漁船赴臺(tái)日漁業(yè)協(xié)議適用海域作業(yè)管理辦法》的規(guī)定，延繩釣漁船未經(jīng)許可，不得赴臺(tái)日漁業(yè)協(xié)議海域作業(yè)。經(jīng)查，“東半球28號(hào)”3月1日至3月3日進(jìn)入臺(tái)日漁業(yè)協(xié)議海域內(nèi)外作業(yè)并未經(jīng)過核準(zhǔn)，已違法。
他們的調(diào)查結(jié)果是“東半球28號(hào)”進(jìn)入了“臺(tái)日漁業(yè)協(xié)議海域內(nèi)外”，但該漁船未經(jīng)核準(zhǔn)。臺(tái)灣漁船需要經(jīng)過誰(shuí)的核準(zhǔn)，臺(tái)灣或日方的呢？難道說(shuō)臺(tái)灣漁船去那個(gè)所謂的“臺(tái)日漁業(yè)協(xié)議適用海域”，必須要到日本申請(qǐng)核準(zhǔn)？或是日方可以隨時(shí)調(diào)閱臺(tái)方的數(shù)據(jù)，知道“東半球28號(hào)”未經(jīng)核準(zhǔn)，就一路追殺過來(lái)？臺(tái)灣和日本訂下的什么不平等協(xié)議？
