綠媒4日對(duì)此報(bào)道稱，此航線離“海峽中線”僅有4.2海里 (約7.8公里)，臺(tái)民航部門因此擔(dān)憂，開啟后恐危及臺(tái)灣往返金門、馬祖的飛航安全，“臺(tái)灣空防更可能受到?jīng)_擊”。蔡當(dāng)局隨后提出所謂的“嚴(yán)正抗議”。陸委會(huì)主委張小月妄言：“大陸以民航包裝，背后是對(duì)臺(tái)灣的政治施壓與軍事威懾等不當(dāng)企圖，臺(tái)灣絕不接受。中國大陸若一意孤行，將必須承擔(dān)任何影響兩岸關(guān)系的后果。”
據(jù)悉，早前于2015年3月29日，中國民航開通M503南下航線時(shí)，就曾牽動(dòng)島內(nèi)“獨(dú)派”的敏感神經(jīng)。當(dāng)時(shí)正值馬英九任內(nèi)，島內(nèi)“獨(dú)派”團(tuán)體就施壓要求馬當(dāng)局撤回M503航線，甚至揚(yáng)言“M503會(huì)使臺(tái)灣海峽被大陸‘內(nèi)?；?rsquo;。”臺(tái)灣“中央日?qǐng)?bào)網(wǎng)絡(luò)報(bào)”發(fā)表評(píng)論文章批判，M503航路隸屬大陸的防空識(shí)別區(qū)，大陸自有權(quán)利設(shè)置，也經(jīng)過國際民航組織認(rèn)可。島內(nèi)激進(jìn)團(tuán)體要求所謂“撤回”，其實(shí)在國際上根本無法成立。所謂M503會(huì)使臺(tái)海“內(nèi)?；?rdquo;是自己嚇自己。
國防部早前回應(yīng)M503南下航線開通一事時(shí)曾指出，M503航線位于上海飛行情報(bào)區(qū)內(nèi)，開通這條航線是中國大陸民航空域管理的一項(xiàng)常規(guī)工作，符合國際民航組織的規(guī)范。M503航線是一條對(duì)外開放的民航航線，外國和中國臺(tái)灣的航空公司都可以申請(qǐng)使用這一航線，這相當(dāng)于建立起一條空中和平通道。這條航線開通，中國大陸和臺(tái)灣的相關(guān)軍事活動(dòng)都要為這條航線留出安全間隔，以保證航線順利運(yùn)行。
