在確立了合作抗日的統(tǒng)一戰(zhàn)線后，對如何具體落實紅軍入晉抗日問題，雙方又進行了多次洽談。對于紅軍改編為八路軍向山西開進，建立抗日根據(jù)地的建議，閻錫山表示贊成。他要彭雪楓轉告毛澤東，請求紅軍會合晉軍一個集團軍，在五臺山周圍建立根據(jù)地。

　　1937年10月下旬，閻錫山向毛澤東等提出“在不利情況下，兩軍團結一致，用游擊戰(zhàn)爭堅決抵抗日寇進攻之方針”。毛澤東通過彭雪楓作了答復，并向閻錫山詳細提出了開展游擊戰(zhàn)爭的戰(zhàn)略原則和具體部署。閻錫山表示贊同毛澤東的建議，同意八路軍分別以五臺山、管涔山、太行山、呂梁山等為依托，開展廣泛的敵后游擊戰(zhàn)爭。

　　1938年1月，閻錫山參加蔣介石召集的軍事會議。到漢口，他囑告山西駐漢口辦事處負責人等幾個親信，籌劃在漢口辦一日報或雜志，用以宣傳抗日戰(zhàn)爭，壯大自己的力量，擴大影響。4月1日，《自由中國》雜志問世。在延安的毛澤東應約為該刊題詞：“一切愛國人民團結起來，為自由的中國而斗爭。”

　　臨汾失守后，閻錫山對抗戰(zhàn)逐漸喪失信心。

　　1939年12月，閻錫山挑起了反共的“晉西事變”，毛澤東等一直采取了克制態(tài)度，多次指示“不公開刺激閻錫山”。事變發(fā)生后，1939年12月20日，毛澤東指示彭德懷前往秋林，當面向閻錫山講明利害關系，做調(diào)解工作。

　　1940年2月23日，毛澤東起草致國民黨第二戰(zhàn)區(qū)司令長官閻錫山的信，表示愿意和平解決山西發(fā)生的磨擦事件，并告知派肖勁光和王若飛前往談判。離開延安時，毛澤東把信交給肖勁光，并對肖勁光和王若飛說：

　　“你們?nèi)ソo閻錫山講清楚，我們共產(chǎn)黨是誠心實意要同國民黨合作抗日嘛，你們?yōu)槭裁匆也俑?，制造摩擦，殺人掠地。讓日本強盜高興呢 ?抗戰(zhàn)初期，閻錫山同我們合作得還可以嘛，為什么現(xiàn)在又跟著蔣介石的指揮棒轉，同我們過不去呢 ?我們也不是好惹的，請他不要敬酒不吃吃罰酒 !”