為3個軍種建造一架飛機并不是聯(lián)合攻擊戰(zhàn)斗機項目遇到麻煩的唯一方面。五角大樓希望利用“并發(fā)”策略：即在完成地面和飛行測試的同時建造量產(chǎn)飛機，以此來降低成本。他們不管F-35的多數(shù)方面仍處在項目開始的研發(fā)早期階段，距離可以整合的成型技術(shù)還很遙遠(yuǎn)。這些方面包括飛機發(fā)動機和飛行控制系統(tǒng)，以及軟件和自動化后勤系統(tǒng)等。你可以想象發(fā)生了什么。在飛行測試期間，軍方發(fā)現(xiàn)F-35需要進行結(jié)構(gòu)和電子方面的修改。許多飛機已經(jīng)生產(chǎn)出來，這一事實讓修改的成本變得昂貴得多。

在2003年之后的十年里，聯(lián)合攻擊戰(zhàn)斗機項目遭遇了十幾次重大挫折。這些挫折一個個接踵而來。2004年，F(xiàn)-35B超重2000磅以上，無法達(dá)到其性能目標(biāo)。2006年，美國政府問責(zé)局警告說，由于“并行”開發(fā)政策，對系統(tǒng)不能充分發(fā)揮作用或不能運行的飛機進行改造的費用可能非常昂貴。到2013年，投入的改造成本達(dá)17億美元。

從2007年起，網(wǎng)絡(luò)入侵導(dǎo)致與F-35設(shè)計和電子系統(tǒng)有關(guān)的幾個TB的數(shù)據(jù)被盜。這次攻擊和2012年另一起對英國航空航天系統(tǒng)公司（該公司制造F-35的飛行控制軟件、電子戰(zhàn)系統(tǒng)、機身后部及其水平和垂直尾翼）的網(wǎng)絡(luò)攻擊迫使項目的軟件、硬件重新設(shè)計，從而增加了成本、加劇了延遲。從棘手的頭盔顯示系統(tǒng)，到不合格的彈射座椅和后勤軟件，F(xiàn)-35不斷面臨挑戰(zhàn)。