◎ 科技日報記者 李麗云
始發(fā)于新發(fā)地的這輪北京疫情牽動人心。
6月26日，中國疾病預防控制中心公布“6月北京新型冠狀病毒肺炎疫情進展”，這份疫情專報在病毒來源分析中指出，從2例男性病例和北京新發(fā)地批發(fā)市場環(huán)境采集的標本中獲得的3株病毒基因分析顯示，北京本次疫情流行的新冠病毒為L基因型歐洲家系分支Ⅰ，該毒株比當前歐洲流行同型毒株更“老”；可以排除由動物病毒外溢傳染人，也排除今年4月前北京本地傳播毒株或武漢流行毒株導致本次疫情。
疫情在新發(fā)地批發(fā)市場的傳染模式，推測主要為人與人之間直接接觸傳播或經物品表面污染的間接接觸傳播。
這份疫情專報對北京本輪疫情趨勢研判認為：在北京已經加強監(jiān)測和強力擴大社交距離的防控措施下，疫情進一步傳播風險低。北京疫情近期有望得到控制。
判斷為歐洲輸入依據是什么？
關鍵標本來自哪里？
專報中說，北京本次流行的毒株比當前歐洲流行同型毒株更“老”，這意味著什么？依據什么判斷新發(fā)地毒株為歐洲輸入來源？
6月27日，科技日報記者采訪了中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所黨委書記、中國疾病預防控制中心生物安全首席專家武桂珍研究員。
通過系統(tǒng)進化樹、亞型分析和特定位點分析，都支持北京新發(fā)地關聯(lián)毒株屬于同一個近緣病毒亞型，位點6026和28881-28883變異為北京新發(fā)地毒株的標志性變異組合。變異位點6026出現頻率特別低，該變異疑似于3月初在歐洲形成，但未見大規(guī)模傳播(也可能是未被測序)，屬于非主流傳播病毒株；28881-28883位點變異為境外輸入型毒株的標志性突變，首先報告于英國，隨后流行于歐美地區(qū)，在我國本土病例中罕見。“綜上所述，判斷北京新發(fā)地毒株為歐洲輸入來源。”武桂珍說。
通過對含有特異性位點的樣本采集時間進行回溯，同時帶有這些特征性變異位點的毒株最早于2020年3月發(fā)現于境外輸入病例的樣本中，此后多發(fā)現于3月至4月期間流行的毒株，因此判斷該毒株至少在2020年3月前產生。因此說，新發(fā)地流行病毒，比現在歐洲流行病毒要“老”。
“這其中涉及好幾種可能性。”病毒有可能會在新發(fā)地批發(fā)市場等陰暗潮濕的環(huán)境潛伏下來，導致進化速度變慢，在適宜的時機再次感染人，由感染新冠病毒的患者或陽性感染者的排泄物污染海鮮市場環(huán)境間接感染導致的暴發(fā)疫情；另外，病毒可能潛伏在進口的冷凍食品當中，未拆包裝的冷凍生鮮產品在境外被新冠病毒感染者偶然污染，在從境外到境內的整個存儲、運輸期間，病毒由于被冷凍沒有發(fā)生進化，所以它不會發(fā)生變異。“最終我們看到的就是這些毒株更接近于流行于歐洲的老病毒。”
“精準”捉元兇背后是
高科技監(jiān)測和朔源體系
“在新冠病毒的病原體鑒定和溯源中，基于新冠病毒全基因組的分子分型方法發(fā)揮了重要作用。”武桂珍說。
生物安全攸關民眾健康、社會安定和國家戰(zhàn)略安全。傳染病病原體基因組序列是事關國家生物安全的重要戰(zhàn)略資源。中國疾病預防控制中心病毒病所張勇研究員介紹，在國家科技重大專項的資助下，病毒病所正在牽頭在全國籌建基于病毒全基因組的病毒網絡化監(jiān)測和溯源技術體系，以應對病毒溯源這個關系到國家安全的病毒病預防控制的重大問題。
當前，隨著基因組學技術和生物信息學以及大數據管理技術的迅速發(fā)展，新一代的基因組測序技術可以對標本中致病微生物實現更加詳細的分析，通過生物信息學分析和大型服務器的高速運算對海量全基因組序列數據進行加工整理，可以準確進行病毒的溯源，洞悉病原體進化的過程，發(fā)現其毒力和致病因子、耐藥基因，從而把握病原體致病和耐藥機制，為病毒病“精準防控”提供理論依據。
病原體基因組學領域保持著持續(xù)較快發(fā)展的態(tài)勢，各種分子技術正在被整合進入病毒性傳染病的診斷和預防控制之中。將基因組技術與生物信息學和流行病學有機整合起來，改善了傳染病的公共衛(wèi)生監(jiān)測、研究和控制，同時也在全球范圍內發(fā)揮越來越大的作用。例如，2003年SARS病毒的溯源分析，2011年中國新疆輸入性脊灰野病毒傳播的溯源分析中，在2014-2016年西非地區(qū)埃博拉病毒流行病傳播的溯源中，都得到了廣泛應用。
在國家科技重大專項資助下，病毒病所牽頭建立了一整套基于新冠病毒基因組分型與聚集分析算法等的監(jiān)測、溯源技術體系，可用于病毒性傳染病的預警預測，應用部門包括我國各級疾病預防控制中心，以及科研、醫(yī)院等系統(tǒng)，將極大地提高我國本土病毒性傳染病預防控制能力，為我國重大傳染病的防控和生物安全體系建設發(fā)揮重要作用。
轉戰(zhàn)半個中國的抗疫英雄團隊
在北京家門口再出征
自2019年12月31日凌晨接到任務開始，中國疾病預防控制中心病毒病所科研團隊跨越半個中國，從湖北武漢到黑龍江綏芬河、牡丹江、哈爾濱，再到吉林舒蘭，這支科研隊伍，持續(xù)奮戰(zhàn)數月，沖鋒在這場抗疫戰(zhàn)爭的最前沿。每到一地，他們都快速建起移動生物安全實驗室，快速進入戰(zhàn)斗狀態(tài)。
北京新發(fā)地疫情暴發(fā)后，武桂珍研究員帶領團隊在家門口再次出征，他們快速組成新型冠狀病毒感染溯源工作組，第一時間緊急來到新發(fā)地農產品批發(fā)市場，在市場內部進行溯源調查和采集樣本，6月14至15日，兩天時間就采集了近千份樣本并立即進行新型冠狀病毒核酸檢測。
據專報公布，疫情發(fā)生后，北京市迅速擴增實驗室檢測能力，7000多名工作人員輪班上崗，2000多個采樣點位全負荷運行。截至2020年6月22日，北京市具備核酸檢測能力的機構已達128所。同時，國家衛(wèi)生健康委協(xié)調全國12個省20支核酸檢測隊支援北京，調配移動P3實驗室，動員增加實驗室建設，同時協(xié)調天津、河北分擔北京部分檢測任務，為北京應檢盡檢提供了重要的支撐。
