10月3日，毛澤東主持召開中共中央政治局常委會擴(kuò)大會議，決定“讓金、馬留在蔣介石手中”。這一決定意味著中共中央將原定先收復(fù)金、馬再解放臺灣的“兩步走”調(diào)整為“一攬子解決”臺、澎、金、馬問題。根據(jù)新的策略，中共中央決定暫時(shí)停止炮擊金門，以沒有美艦護(hù)航為條件，允許國民黨軍隊(duì)運(yùn)輸補(bǔ)給物資；并制定了對金、馬“打而不封，封而不死”的新策略。

10月6日、13日、25日，《人民日報(bào)》相繼發(fā)表由毛澤東起草，以國防部長彭德懷名義發(fā)布的《告臺灣同胞書》《國防部命令》《再告臺灣同胞書》，陸續(xù)宣布對金門暫停炮擊7天、兩個(gè)星期、單(日)打雙(日)不打，同時(shí)闡述原則立場和政策主張，主要是：第一，堅(jiān)持一個(gè)中國是國共兩黨共同的立場；第二，反對美國制造“兩個(gè)中國”；第三，國共兩黨舉行談判，和平解決臺灣問題；第四，臺灣問題是中國內(nèi)政，不受外國干涉。

大陸方面宣布暫停炮擊后，10月13日，毛澤東還親自約見了曹聚仁，重申了中共中央1955年至1956年提出的和平解決臺灣問題的政策，并且有了新的發(fā)展，涵蓋社會制度、軍隊(duì)、財(cái)政、經(jīng)濟(jì)、生活方式等方面，請其向臺灣當(dāng)局轉(zhuǎn)達(dá)。

大陸方面炮擊金門的策略性調(diào)整和公開宣布的原則立場、政策主張，增加了蔣介石拒絕美國要求其從金門馬祖撤軍的籌碼，促使美國在10月23日于美臺雙方會談公報(bào)中聲明“金門連同馬祖的防務(wù)是從臺灣和澎湖的防務(wù)密切相關(guān)的”。這意味著美國不再強(qiáng)行要求臺灣當(dāng)局從金、馬撤軍。

10月31日，毛澤東指示：逢雙日一律不打炮，使蔣軍可以出來活動(dòng)，曬曬太陽，以利持久。只在單日略打一點(diǎn)炮。1959年1月9日，中央軍委指示前線部隊(duì)單日不一定都打炮。此后雙方心照不宣，炮彈基本往無人區(qū)射擊。1961年12月至1978年12月31日，雙方炮擊又改打“宣傳炮”，即用大炮發(fā)射宣傳品。

1979年1月1日，中美兩國建交，美國政府和臺灣國民黨當(dāng)局的“共同防御條約”即告終止。同日，全國人大常委會發(fā)表《告臺灣同胞書》，宣布爭取和平統(tǒng)一祖國的方針；國防部長徐向前發(fā)表《關(guān)于停止炮擊大、小金門等島嶼的聲明》，福建前線部隊(duì)對金門的炮擊即告停止。

影響

大陸方面炮擊金門，集政治、軍事、外交斗爭與一體，蔚為世界戰(zhàn)爭史上的奇觀。這次炮擊金門，對兩岸關(guān)系產(chǎn)生了深遠(yuǎn)而積極的重大影響，最為重大的意義在于粉碎了美國“劃峽而治”、制造“兩個(gè)中國”的陰謀，并且第一次指出國共兩黨都認(rèn)為世界上只有一個(gè)中國、沒有“兩個(gè)中國”，推動(dòng)臺灣當(dāng)局堅(jiān)持了一個(gè)中國立場，對兩岸關(guān)系產(chǎn)生深遠(yuǎn)而積極的影響；其次，懲罰了臺灣當(dāng)局的軍事挑釁，還推動(dòng)恢復(fù)了美國單方面中斷的中美大使級會談；同時(shí)，牽制了美國，有力地支持了中東地區(qū)人民反帝反壓迫的民族解放斗爭。

炮擊金門后，在尖銳的兩岸軍事對峙中，中共中央繼續(xù)為爭取通過談判和平解決臺灣問題而努力，并豐富和發(fā)展了和平解決臺灣問題的重要原則和政策主張，提出了包括“一綱四目”、容許臺灣保持原來的社會制度等一系列重要政策主張，為爭取祖國完全統(tǒng)一提供了寶貴的思想財(cái)富。

而國民黨方面經(jīng)過金門炮戰(zhàn)認(rèn)識到，美國對其“反攻大陸”的支持是以不被拖入與中國大陸的戰(zhàn)爭為條件，不得不對“反攻大陸”計(jì)劃進(jìn)行調(diào)整，由早先的“軍事第一、反攻第一”改為“政治為主、軍事為從”“七分政治、三分軍事”。正是在這樣的歷史條件下，炮擊金門后的兩岸軍事緊張狀態(tài)較之前有所緩和，大規(guī)模的軍事沖突減少。