中央紅軍和張國燾率領(lǐng)的紅四方面軍會師后，郭潛被派到地方工作。不久，張國燾因與中央就下一步行動方向發(fā)生分歧，意圖以武力脅迫中央，從而導致了紅軍的分裂，中央紅軍單獨北上，張國燾則另立中央。郭潛未隨中央紅軍北上，擔任了張國燾把持下的中央機關(guān)刊物《干部必讀》的總編。

　　1936年7月，經(jīng)從蘇聯(lián)歸國的張浩做工作，張國燾同意取消自立的黨中央，并經(jīng)中央同意成立了以張國燾為書記的中共中央西北局。郭潛也進一步受到重用，被張國燾任命為西北局秘書長，并兼任了甘肅省工委宣傳部長。不久，長征結(jié)束，郭潛被調(diào)到中央宣傳部工作，同時在抗大兼任政治教員，講授中國革命運動史。在此期間，郭潛曾負責審查江青的黨籍問題。

　　1938年1月，中央抽調(diào)郭潛在內(nèi)的一百多名干部隨同張云逸前往時在南昌的新四軍，并以新四軍軍部為掩護成立了以項英為書記的中共中央東南分局，郭潛擔任了東南分局秘書長。不久后，東南分局撤離南昌，經(jīng)中共中央批準，成立了江西省委，郭潛先后任省委秘書長、書記。

　　1940年，按照中央決定，江西省委隸屬新成立的中共中央南方工作委員會（簡稱南委）領(lǐng)導。一年后，郭潛調(diào)任南委組織部長，由福建調(diào)來謝育才接替他的工作。當1941年7月，謝育才到達江西省委所在地安福山時，發(fā)現(xiàn)江西省委所屬黨組織除贛西南特委之外，都遭到了破壞，省委機關(guān)也不健全，但在此前郭潛給中央和南委的報告中，并沒真實全面地反映這樣的情況。謝育才預感不好，立刻向南委發(fā)電報告這些問題。南委復電，讓他回南委匯報情況?？箲?zhàn)中對中共地下黨組織破壞最為嚴重的“南委事件”由此開始。

　　謝育才在交通員帶領(lǐng)下途經(jīng)吉安時，被早已叛變的交通員出賣給了中統(tǒng)特務，特務循線索誘捕了江西省委軍事部長顏福華，顏福華叛變，導致江西省委所屬黨組織遭到嚴重破壞，兩千多名黨員被投入監(jiān)獄，兩千多名農(nóng)村黨員被強制管訓。由于特務封鎖消息，在大半年的時間里，南委對江西地下黨組織被破壞的情況毫不知情。1942年4月，南委給謝育才發(fā)來密信，讓他5月中旬到廣東曲江與郭潛見面匯報工作。但信件被特務截獲，特務擬脅迫謝育才一同前往誘捕郭潛，謝育才意識到南委面臨的危險，連夜逃走，歷盡艱辛，行程一千多里，于5月22日到達南委所在地，向組織報警。

　　此時的郭潛，剛從桂林領(lǐng)取上級組織匯來的十萬元經(jīng)費返回，已經(jīng)到達曲江。南委在接到謝育才報警后，在5月24日給郭潛發(fā)了讓他撤離的電報，但郭潛完全喪失警惕，收到電報后沒能及時把密碼譯出。5月26日，他被中統(tǒng)特務逮捕。面對特務的突擊審訊，郭潛提出三個條件，一是從桂林領(lǐng)回的南委經(jīng)費給他一萬元（后來他實際拿了三萬元），二是不公開叛徒面目，三是保證人身安全。中統(tǒng)特務知道南委組織部長的位置非常關(guān)鍵，一旦策反成功，將會對南委地下黨組織予以重創(chuàng)，于是爽快地答應了他的條件。郭潛隨即叛變。